棉籽油的组成也以油酸、亚油酸为主。由棉籽制取得到粗油，一般杂质较多，颜色深，酸价高，并含有一定棉酚毒素（含量约1%），胶质和蜡质含量视制油棉坯壳量而异。粗油质量较差，不宜直接食用，因而就不能采取简单的水化工艺，必须经碱炼洗涤，甚至吸附脱色处理，方能符合质量要求。

（一）普通食用棉籽油精炼的榨油机操作条件
     操作条件：过滤粗油含杂不大于0.2%，水化温度控制在20-30℃，加水量为粗油胶质含量的0.5倍，加水搅拌10分钟后随即加碱中和，中和时碱液浓度16-24°Be'，碱炼操作温度25-30℃，终温45-50℃，洗涤温度85℃，软水添加量为油重10-20%，脱水温度100-105℃。其他参照第八章和第九章有关内容。

（二）精制棉籽油精炼的操作条件
     操作条件：碱炼前操作条件与粗制棉籽油同。洗涤、脱色、脱臭操作条件与花生精制食用油条件相似。如果在脱臭后再进行脱脂，其成品油的品级就为精制冷餐油，脱臭工程以后的工艺流程：
                                      →软脂
     脱臭棉油→冷却结晶→养晶→过滤--
                                      →精制冷餐油
     操作条件：冷却结晶温度5-10℃冷却水与油脂温差5℃左右。结晶时间8-12小时，养晶时间10-12小时。